目前，對離子液體中陰離子對其毒性的影響尚沒有統一標準。張瑾通過利用30種離子液體(離子液體的陰離子不同)對青海弧菌Q67做毒性效應實驗，結果顯示，不同陰離子對離子液體毒性影響很小。陰離子對離子液體毒性效應的影響是由于陰離子的水解而產生的:如具有BF陰離子基團的離子液體毒性是由于該離子液體液體水解產生的F。該研究中亦發現離子液體的陰離子基團對毒性影響雖稍有差異，但不顯著。袁靜、劉樹深”以96孔微板為試驗載體,測定了具有不同烷基鏈長度和陰離子基團的離子液體對蛋白核小球藻(Chlore1la pyrenoidosa)的96h生長抑制毒性。結果表明，10種離子液體都具有典型的s型濃度-效應曲線，均可用非線性Weibu11函數進行擬合，效應擬合值與實驗值之間的相關系數均大于0.96,均方根誤差均在0.1以下，擬合統計性良好。4種咪唑四氟硼酸鹽類和4種氯化咪唑鹽類離子液體分別對藻的毒性具有烷基鏈效應,而改變陰離子對離子液體毒性的影響不大。